Дословно shell переводится как "оболочка". Это программа, которая принимает команды юзера из командной строки, преобразует их в понятную для операционки форму и выводит ответ операционки в понятной для юзера форме. Другое название shell - командный интерпретатор. Вот несколько наиболее юзабельных shell'ов: bash, sh, csh, tcsh, psh. Отличаются они тем, что у каждой shell свой язык для написания скриптов (у родственных шеллов они почти одинаковые, как у bash и sh).
Еще они отличаются по функциональности: некоторые позволяют редактировать вид командной строки. Почти у каждого шелла есть свои встроенные переменные. Если не знаешь, какой у тебя шелл, вводи команду echo $SHELL. Если хочешь поменять свой дефолтовый шелл, вводи команду chsh.